بعد أن ارتبط اسمه بملفات أمنية عديدة، وكان توقيفه أحد أبرز الإنجازات التي حقّقتها القوى الأمنية، أصدرت المحكمة العسكرية الدائمة أحكامها في 40 ملفًا امنيًا جرت محاكمة نوح زعيتر على اساسها، وقضت بإدانة المتهم المذكور بأربعة منها فقط وسجنه شهرًا واحداً عن كل منها، ومصادرة الأسلحة الحربية والأعتدة العسكرية والأجهزة اللاسلكية التي ضبطت له.
وأعلنت المحكمة براءته في ثلاثة ملفات لعدم كفاية الدليل بحقه، وأسقطت العقوبة عنه بـ 33 ملفًا بسبب سقوط الملاحقة بمرور الزمن.
